Wiktionary[1] says that the expression has existed at least since the 18th century, adding this interesting note:
> À noter aussi que durant ce siècle, la notion de « lumière » était une représentation métaphorique de la « connaissance » (cf. : siècle des lumières). Cette expression peut donc aussi se traduire de la façon suivante : « à la connaissance d’aujourd’hui » ou « au savoir d’aujourd’hui ».
Roughly translated it says that light could be used metaphorically to imply knowledge, so "au jour d'aujourd'hui" could be parsed like "to the light of today" and from there "to the knowledge of today". Now whether that's a justification after the fact or the real origin of the expression, who knows...
[1] https://fr.wiktionary.org/wiki/au_jour_d%E2%80%99aujourd%E2%...